Entre las principales están presidir el Claustro, el Senado Académico y la Junta Administrativa; nombrar, previa consulta, a los decanos y directores de departamentos académicos, así como a los directores de oficina y a todo el personal de la Universidad de Puerto Rico en Cayey; dirigir la formulación del proyecto de presupuesto, el informe anual de los trabajos de la UPR en Cayey y otros documentos institucionales de análoga envergadura.
Corresponde a la Rectoría la dirección y articulación de las múltiples y diversas gestiones académicas y administrativas propias del quehacer universitario, entre ellas, el adelanto de las prioridades institucionales, el apoyo a la actividad académica, la protección de los derechos y la ampliación de las oportunidades de los miembros de la comunidad universitaria. También corresponde a la Rectoría representar a la UPR en Cayey ante autoridades universitarias y la comunidad externa, fomentar las buenas relaciones entre los diversos sectores de la comunidad universitaria y dilucidar reclamaciones y controversias que no han sido resueltas a otros niveles.
Desde la Rectoría se ponen en marcha las actividades de acreditación y la planificación institucional, así como proyectos de interés especial, tales como los Profesores Visitantes, Artistas Residentes y otros. Se auspician asimismo actividades de proyección internacional.
