El/La Rector(a) es la principal autoridad académica y administrativa de la Universidad de Puerto Rico en Cayey. Es nominado/a por el Presidente de la Universidad, previa consulta a la comunidad universitaria a través del Senado Académico, y confirmado por la Junta de Gobierno.
Sus atribuciones y responsabilidades específicas están delineadas por ley y reglamento: en el Artículo 7 de la Ley Universitaria, en la Secciones 19.3 del Reglamento General de la Universidad de Puerto Rico, y en la Sección 7.1 del Reglamento de la Facultad de la Universidad de Puerto Rico en Cayey.
Entre las principales están presidir el Claustro, el Senado Académico y la Junta Administrativa; nombrar, previa consulta, a los decanos y directores de departamentos académicos, así como a los directores de oficina y a todo el personal de la Universidad de Puerto Rico en Cayey; dirigir la formulación del proyecto de presupuesto, el informe anual de los trabajos de la UPR en Cayey y otros documentos institucionales de análoga envergadura.
Corresponde a la Rectoría la dirección y articulación de las múltiples y diversas gestiones académicas y administrativas propias del quehacer universitario, entre ellas, el adelanto de las prioridades institucionales, el apoyo a la actividad académica, la protección de los derechos y la ampliación de las oportunidades de los miembros de la comunidad universitaria. También corresponde a la Rectoría representar a la UPR en Cayey ante autoridades universitarias y la comunidad externa, fomentar las buenas relaciones entre los diversos sectores de la comunidad universitaria y dilucidar reclamaciones y controversias que no han sido resueltas a otros niveles.
Desde la Rectoría se ponen en marcha las actividades de acreditación y la planificación institucional, así como proyectos de interés especial, tales como los Profesores Visitantes, Artistas Residentes y otros. Se auspician asimismo actividades de proyección internacional.
